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En los tramites de extranjería actualmente se exime de presentación del certificado de A. Penales del país de origen cuando el solicitante es mayor de edad, pero entró y se halla en España continuadamente desde que era menor de edad.-

¿Podría igualmente estar dispensado de presentar dicho certificado de penales del país de origen el solicitante de nacionalidad por residencia que es mayor de edad en el momento de la presentación, pero que acredita residir en España desde que era menor de edad?
¿Hay algún criterio o instrucción del Mjusticia sobre dicha situación, o debe presentarse el certificado de penales de todos modos?

Lo tienen que presentar todos los extranjeros, independientemente de si han entrado como menores o -incluso- aunque no hayan vivido nunca en el país del que son originarios.

Se me ocurre una manera en que ese extranjero que ha residido en España puede tener AAPP en su país, aunque no haya residido allí desde hace mucho tiempo o, inclusive, que nunca lo ha visitado:
Un extranjero que nace en España y sigue la nacionalidad de alguno de sus progenitores, no es español. Tiene esa misma nacionalidad.
Nunca viaja a su país del que es nacional. Esa persona puede fácilmente otorgar un poder notarial de representación para hacer alguna cosa o negocio con alguien que le represente en su país. Si lo que hacen resulta ser un delito, puede ser condenado sin haber ni siquiera pisado ese país. Y entonces, si es condenado, tendría antecedentes penales de ese país que nunca visitó y del que es nacional.
A esta persona, también se le pide que presente los AAPP de su país...: TODO MAYOR DE EDAD tiene que presentarlos para el trámite de la nacionalidad por residencia... (salvo en el caso de que sea un país del que la autoridad española pueda obtenerlos en virtud de convenio).

Si efectivamente es así, es ineludible solicitarlos.
Una preguntita, además de poder solicitarlos vía consulado, o desplazarte al país que los tiene que expedir ¿ Se pueden obtener los antecedentes penales del país de origen por otra vía?

Sí, contratando un gestor del país del que quieras pedir los antecedentes penales.
Es una opción cara pero igual de válida.