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Lisa22, tienes que consultar el Nuevo Reglamento de Extranjería vigente actualmente. En concreto:
Artículo 166. Extinción de la autorización de residencia de larga duración.
1. La extinción de la autorización de residencia de larga duración y de la autorización de residencia de larga duración-UE se producirá en los casos siguientes:
a) Cuando la autorización se haya obtenido de manera fraudulenta.
b) Cuando se dicte una orden de expulsión en los casos previstos en la Ley.
c) Cuando se produzca la ausencia del territorio de la Unión Europea durante doce meses consecutivos.
Esta circunstancia no será de aplicación a los titulares de una autorización de residencia temporal y trabajo vinculados mediante una relación laboral a organizaciones no gubernamentales, fundaciones o asociaciones, inscritas en el registro general correspondiente y reconocidas oficialmente de utilidad pública como cooperantes, y que realicen para aquéllas proyectos de investigación, cooperación al desarrollo o ayuda humanitaria, llevados a cabo en el extranjero.
d) Cuando hubiera adquirido la residencia de larga duración-UE en otro Estado miembro.
2. Además, se producirá la extinción de la autorización de residencia de larga duración-UE tras una ausencia de territorio español de seis años. La Dirección General de Inmigración, previo informe de la Comisaría General de Extranjería y Fronteras, podrá determinar la no extinción de una autorización por esta causa ante la concurrencia de motivos excepcionales que así lo aconsejen.

Respondiendo a tu pregunta, cuando comienza la cuenta del tiempo de ausencia, obviamente, desde el momento cuando estés fuera de la Unión Europea (12 meses) o fuera de España (6 años).
Saludos

No entiendo muy bien tu respuesta profe,
Imagine que me voy a trabajar a Alemania, puedo tener algún problema para renovar mi NIE cuando caduque.

wiyyat, yo creo que está mas o menos claro lo que pone en la ley:
1. La extinción de la autorización de residencia de larga duración y de la autorización de residencia de larga duración-UE se producirá en los casos siguientes:
................
d) Cuando hubiera adquirido la residencia de larga duración-UE en otro Estado miembro.
................

O sea que cuando te vas a Alemania y obtienes la residencia de larga duración allí, corres el riesgo de que no te renueven la residencia de larga duración en España. Puede que tengas suerte y no se enteren pero dada la cooperación en materia policial que existe entre los países de la Unión Europea es probable que tu residencia de larga duración en España se extinga.
Saludos

Hola,

Gracias por contestarme. Ahora tengo otra duda.

Si obteni mi residencia de larga duración en 2010 pero vivo fuera de España desde 2009. Aunque vuelvo cada año para visitar a mi familia y para no perder la residencia. Entonces según el Nuevo Reglamento,tengo que regresar a España para siempre antes de 2015? Lo entiendo bien?

Saludos,
Lisa22