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¿Vale el certificado negativo de mi país de origen para solicitar la nacionalidad Española por residencia ?

¿Eso qué es?
¿Te refieres a que tu nacimiento no está inscrito en el Registro de tu país...?

Tienes que presentar un certificado que acredite tu nacimiento y, por tanto, uno negativo no te vale.
Tendrás que iniciar un procedimiento para que constes inscrito en tu país y entonces ya poder acreditar tu nacimiento.

La falta de inscripción en el Registro extranjero no impide practicarla en el español mediante título suficiente.

Pero es que en este caso no se está instando la inscripción de su nacimiento, sino previamente solicitando la nacionalidad, y éste se trata de un procedimiento que si requiere que se aporte el certificado de nacimiento del solicitante.
No le vale el certificado de su bautismo junto con la negativa de no estar inscrito en el RC de su país, sino que debe aportar el de nacimiento.

Otra cosa diferente sería que él, si fuera un ciudadano español nacido en en extranjero y que no consta inscrito en el RC de ese país, para inscribir ese nacimiento en el RC español si que puede presentar otro/s documento/s (esos dos que antes cité: bautismo + negativa) que sirva/n para incoar un expediente y obtener el título suficiente para hacer la inscripción.
Serviría, por ejemplo, el parte de nacimiento en un hospital para inscribir directamente en el RC español al niño español nacido en Portugal (caso que se trataba en este otro tema)y hacer primero la inscripción en RC de España y luego en el de Portugal...

Pero no es el caso. Para pedir la nacionalidad si que necesita el certificado de nacimiento del lugar donde nació.